对于任何污染的治理，均要从源头把关。因此，在制药行业中推行清洁生产，减少废水排放量和废水中的污染物总量非常必要。同时，大部分的制药废水中含有大量可以回收利用的有用物质，对于制药废水的治理，首先应考虑废水中的无聊回收和综合利用，通过改革工艺过程以减少污染物的排放量，如发酵菌体的回收利用和溶剂的分离回收，工艺用重金属的回收等等。对发酵类制药废水的高浓度废，可以考虑制取饲料酵母。因此，开发和采取综合治理利用技术，既可创造经济效益，又能降低废水污染。制药废水的资源回收技术对于其污染的整治具有极大作用。