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 研究表明施微生物土壤改良剂可改善土壤物理性状，如降低土壤容重、增加土孔隙度等，这将对土壤水分和盐分运动产生重要影响。研究表明，施用微生物土壤改良剂可减少潜水蒸发，抑制盐分表聚，同时可增加灌水和降水的入渗，有利于壤脱盐。另外，田间施用微生物土壤改良剂还可以改善土壤胶体化学性质、增加土壤微生物活性、改变土壤溶液离子组成。通过定期取表层土样测定其电导率和在不同深度埋盐分传感器探头的方法，在作物生长季节内，监测了施微生物改良剂，农田不同深度的土壤溶含盐量变化结果显示可明显减少土壤表层盐分积累，并有利于灌水对壤表层盐分的淋洗。10cm深处土壤盐分含量迅速下降;施用微生物土壤改良剂可使30cm深土壤在灌水前的盐分累积过程变缓;60cm深土壤溶盐分大幅度降低并保持在很低的水平。